公司明年1月才发年终奖，届时还能单独计税吗？

可以。

根据《关于延续实施全年一次性奖金个人所得税政策的公告》（财政部 税务总局公告2023年第30号）规定，全年一次性奖金单独计税优惠政策执行期限延长至2027年12月31日。