自然人股东减资的个人所得税问题

以自然人股东身份进行减资，根据《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局2011年第41号公告）规定：

个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照‘财产转让所得’项目适用的规定计算缴纳个人所得税。

应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。

从41号公告可以得出自然人股东减资，分回的资产扣除初始投资成本后的部分需要按“财产转让所得”计算个人所得税。

另外，根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第四条规定：个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按‘财产转让所得’缴纳个人所得税。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。

个人股东减资时应先确认股权转让收入及股权原值，再计算应纳税所得额。

要注意的是：根据67号公告规定，转让收入应符合公平交易原则，股权转让收入明显偏低且无正当理由的，有可能被税务机关调整。当然，如果减资收回金额低于投资成本，且有正当理由的，无需缴纳个人所得税。